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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已彰显出普遍的菌物特异性，也包括抗肿癌和抗虫毒效应。通常情况下，三萜是借助甲羟戊酸方法炼制的，并从纯天然植被和真菌孢子中添加。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发稿了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的深入分析综述。该深入分析表明三萜类氧化物野生虫草酸（GA）是使用气体塑造的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物有效的转化生产的。确认转录组和营养物质质组学高新技术逐渐一个脚印深入研究无柄野生虫草菌丝体中DHT生产每种野生虫草酸（GA）的新机制，并跟据几组学高新技术探测到的差别的人类基因和差别的营养物质，推断DHT 怪物分解 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和效果分级

按照对无柄野生灵芝病菌菌丝体进行转录组测序共得到了67230个转录本和14297个单染色体。在这个单染色体中，493个被鉴定结论为相互影响表述爱方式染色体（DEGs），至少213个表述爱方式上浮，279个表述爱方式下降（图1A）。GO丰度研究后，DEGs可分微生物的时候（BP）、癌生殖细胞材质（CC）和分子式工作（MF）3类。在BP分类中，诞生了前4个子分类：四环素分解的基础分泌率的时候，醋酸钠盐基础分泌率的时候和甲酸盐基础分泌率的时候;而在CC分类中，癌生殖细胞外区、突触复合材料体、突触机构是前4个亚类。相对MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）生物氧、防氧化抹除酶生物氧和酸氨（或酰胺）对接酶生物氧是前4个亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究中，前30条丰度度最低的通道含有27条属基础分泌率，至少甲烷气体基础分泌率、乙醛酸盐和二羧酸盐基础分泌率、丙酸盐基础分泌率信息通道为显著丰度（图1D）。

图1|转录混合物析和的功能划分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

开始对无柄虫草真菌感染菌丝体开始蛋清质组学介绍，总计认定了16,457种现代感肽、2606种蛋清质和2588种定量研究蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的挑选因素下，你不在2606种蛋清质中，94种被亲子鉴定为地域异同抒发蛋清（DEPs），里面52种调涨，42种下降（图2A），图2C彰显了地域异同抒发蛋清的聚类研究法介绍热图。从GO介绍看到，BP品类彰显，基本上都数DEPs参与的乙酸盐上皮组织細胞新陈消化吸收转化的的进程、四环素细化上皮组织細胞新陈消化吸收转化的的进程和中药细化上皮组织細胞新陈消化吸收转化的的进程。CC类DEPs在上皮组织細胞外区、过钝化物酶体和微体中总量最大，钝化修复酶渗透性氧和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性氧在MF类中DEPs的身材比例最大（图2B）。与转录组后果类似，KEGG通道介绍彰显，不少DEPs在上皮组织細胞新陈消化吸收转化中丰度，里面3条最丰度的路径是光合菌物中的碳固定不变、碳上皮组织細胞新陈消化吸收转化和MAPK移动信号通道（图2D）。不仅如此，开始介绍GO数据探讨库的CC对DEPs开始亚上皮组织細胞wifi定位介绍和批注（图2E），DEPs其主要占比在上皮组织細胞质（40.66%）、上皮组织細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），原理上是GAs菌物聚合的其主要方位。

图2|蛋白酶质组的酶联免疫法解析和工作确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物应用和比组得票数DEGs和DEPs建设了维恩图，有20个差别的呈现遗传什么是基因组（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组有的DEGs/DEPs来聚类概述法概述，察觉到mRNA和淀粉酶质相互相互有16个调整遗传什么是基因组和6个调整遗传什么是基因组，DEGs和他讲述的DEPs呈现平行呈正相应，依托于Pearson的相应数值概述，在转录组和淀粉酶质组相互相互查测到比较高的相应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查结局表明表明，E组和C组1一个DEGs的表现水平方向差异性差异性，在其中9个为调涨DEGs，俩为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现发展趋势与转录类物质析结局表明一致性。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测深入分析和的功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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