
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应体现淀粉酶组学产品,实现1000+什么难以理解的度呈现位点验出,平稳逆转非常经典靶点,全坐向生信分折解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“知道”到“认证”全操作流程服务项目,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实验英文程序流程
02、试验数剧
03、经“点”逆转
在实测值数据源中,检测很多文章中简讯的特别靶点名词解释衣康酸表达位点,如第一名个被挖掘的衣康酸共价表达核核蛋白酶KEAP1,有着糖酵解通道中的3个的要素酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,或炎性小体组合成核核蛋白酶NLRP3和人体细胞病变的时候中的的要素核核蛋白酶RIPK3等,其质谱图下面图图甲中。
04、类产品结构特征
1.众多质控
工业化特男人探头孵育、SDS-PAGE测量、WB安全验证、样本量对应性定量分析等一定要多地方位测量,确定该项目成果靠谱性。2.高效能质谱测试仪器软件
在Orbitrap Astral全新这一代高辨别好坏质谱仪作明佛母心咒下,保证衣康硝化作用表达位点及蛋白质监定新层次,机械助力物理学实验新感觉。3.全方案站台式服务培训
特征提取拜谱海洋生物落实的实验设计保障平台,可能提供“组织细胞的培养→测试探针孵育→WB监测→玄之又玄度衣康过酸突显监测→个性化生信分享→当前位点PRM查证”全具体流程保障,省时杠杆原理更可靠。05、数据分析项目(局部)
06、用途位置
PART 2、学术论文分享和交流
资料一
英文翻译小标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
汉语问题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
探讨玩法:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
文献资料二
英文翻译标题格式:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
简体中文标题文字:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
设计信息:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、典例ip产业指导思想
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13具备着较为强烈的底物通过力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱微生物衣康酸性反应表达组实际数据显示中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康硝化作用突显(如下图所示图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱工作小结
当作TCA间歇中的里头分解物,衣康酸调试分解、免役细胞细胞和慢性感染区间内的相互间用,为根治免役细胞细胞慢性感染性慢性病展示 了带替根治策咯。衣康酸格局中的亲电性α,β-不饱和羧酸格局能对球营养物质上的吸附性半胱氨酸残基去烷基化呈现(迈克尔减伤反應),哪一译为后呈现被喻为“衣康酸呈现(itaconation)”,借以影响力球营养物质作用,监测免役细胞细胞回应和分解路经,为多种类慢性病类药研制展示 新难点。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用绘制蛋白质组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物中医药学可以说 酶联免疫法靶向治疗产生组(QMT1000)或电能产生靶向治疗产生组产品设备对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
符合论文
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.