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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿控制程序最易见的妇科疾病之首。肾组建中CaOx结晶体过是处于饱和状态组成沉积会使得肾小管上皮细胞破损和凋亡,然后使得肾结石的组成。短链蛋白质多酸由消化道内厌氧反应器细菌和病毒发酵法营养纤维素材料发生,不仅能在一部分消化道障壁中充分利用的功效,特别在控制程序水平方向上也充分利用最为关键的的功效。在当中,丁酸是最多种多样的短链蛋白质多酸,极具抗感染和免疫细胞可抑制的功效,本科研浅议丁酸对CaOx肾结石的的功效举例潜在的靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山醫院泌尿整形外科吴忠讲师、周子健院士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠专家、周子健博后在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物学与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了互联网药学学服务质量,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

本文名号:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 客人单位名称:华山医院专家 实验另一半:大鼠、HK-2上皮细胞 组群信心:差表组(Con)、模式组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱提供了技术性:wifi网络药理学学检查

要点步骤图

研究方案但是

调查拜谱生物最先在校园营销推广活动的环节之中所构建大鼠三维整治,凭借生理性什么是生化因素和安排病理学学着色等调查具体方法发觉丁酸需要降低CaOx三维整治大鼠肾CaOx硫化锌的型成和伤害,减少CaOx三维整治大鼠的慢性炎症伤害和脱色化合物的过度的表明。于此,丁酸还可抑止草酸诱发的HK-2组织核伤害、脱色应激反应和组织核凋亡。 为科学探究丁酸构造和靶dna网站,理论研究人员管理从PubChem获取一个丁酸和丁酸酯的二维和3D构造(图1A)。经过PharmMapper的sql和Uniprot的sql处置后共选择出114个丁酸靶dna供进这一步介绍。将dna全部导入到STRING的sql,做好PPI网站介绍。Cytoscape根据了排顺的前20的联络线靶dna的祥细网站图,还包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。某些联络线dna与网站中的某些dna均的表现出肯定的相应性,就说明某些dna将切实发挥的功效着融合能力。GO和KEGG介绍折射出了丁酸联络线dna的相应手段和怪物学系统(图1C)。联络线dna通常与类固醇肾上腺素对答、阳极氧化物应激状态状态对答、吸附性氧组织细胞对类固醇肾上腺素促使的表现或者对酸碱性电化学化合物的表现密切相关。根据上述根据上述,某些联络线dna通常参予了阳极氧化物应激状态状态和对吸附性氧的怪物表现时候,是肾结石产生规则中至关必要的手段,这认为丁酸将在肾结石中切实发挥的功效必要能力。

图1| 丁酸空间结构与靶人类基因网络上具体分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一次生命的进化丁酸对CaOx肾结石着实切靶人类人类什么是dna遗传遗传,研发员工应用GEO统计资料源库对GSE73680中营养健康比对与CaOx肾结石患病者的人类人类什么是dna遗传遗传异同展开了研发。比对组与CaOx结石患病者的正有关于性异同抒发人类人类什么是dna遗传遗传(DEGs)塞查标为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个人类人类什么是dna遗传遗传遭受正有关于发生改变,至少3379个(89.4%)人类人类什么是dna遗传遗传抒发上涨,404个(10.6%)人类人类什么是dna遗传遗传抒发变动(图2A)。对DEGs展开聚类分析算法具体分析,热图表明了前10个被选中DEGs的二维层次分割聚类分析算法共同点(图2B)。最后,研发员工凭借GeneCards统计资料源库人工成本检验了370个有可能与CaOx肾结石有关于的人类人类什么是dna遗传遗传,排民前20位的分析预测人类人类什么是dna遗传遗传基本有关于性评价如图甲图甲中2C图甲中。为了让寻得丁酸方法CaOx肾结石的根本靶点,研发员工将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石有关于人类人类什么是dna遗传遗传净化处理能够得到好几个个Venn图。结果英文,CYP2C9被确立为丁酸危害CaOx肾结石的因素靶点(图2D)。不但,研发员工还展开了丁酸与CYP2C9的原子核联接,CYP2C9的多个氨基残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸间接的作用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在用网络信息药学学分折CYP2C9是丁酸影晌CaOx肾结石的靶DNA后,探析人还能够体细胞膜研究灵魂存在了CYP2C9可下降草酸引诱的HK-2体细胞膜的ROS含量、疾病板材损害和凋亡。

图2| 大多数据库综合定量分析预计CYP2C9是丁酸效应于CaOx肾结石的靶染色体

探索数据

本调查首要知道丁酸在离体和身上均能促使CaOx肾结石绘图的腐蚀应激状态状态和支原体感染损害,随着完成互联网临床药理学学选择赢得丁酸直接影响CaOx肾结石的存在靶点——CYP2C9,后面完成受损肿瘤细胞调查声明CYP2C9在草酸盐诱导型的HK-2受损肿瘤细胞ROS水平方向、支原体感染损害和凋亡。这种知道是因为丁酸或者完成促使CYP2C9来促使CaOx肾结石的腐蚀应激状态状态,消减支原体感染损害。这方式中拜谱菌物出具了互联网临床药理学学工艺精准服务管理,另外拜谱菌物可不断提高成熟期成熟的dna组学、球高蛋白组学、消化吸收组学等多个学设备及工艺精准服务管理,欢迎辞拨通了解和咨询! 参阅文献资料:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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