在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研究分析成果

1、从光敏陪养人体细胞中添加DNA热塑球脂肪酸

只为分开光热塑核脂肪酸-DNA组合物用作LC-MS深入深入分析，我们的开发一种男变女纯化计划，可从DNA中去就算热塑核脂肪酸，仅在就直接照射时实现就直接基因遗传组触及聚集DNA热塑核脂肪酸。用TRIZOL获取脱色质并弄掉入狱获的非热塑核球核血清，并且将其继续溶解性以做好RNase化解。实现超声清洗切剪得到核脂肪酸热塑DNA的获取物，在硫氰酸胍中高温男变女，并在二氧化物硅离心法柱上阵发性洗涤剂以去就算热塑核脂肪酸早以已完成。实现核酸酶进行处理从DNA中脱离光热塑核球核血清，并做好胰核球核血清酶化解用作LC-MS深入深入分析。该方案命名规则为核脂肪酸热塑DNA获取或XDNAX。

图1.蛋清质热塑DNA截取或XDNAX步奏图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可会了解DNA的球脂肪酸图谱

将光交连的方法广泛应用于MCF7生殖肿瘤细胞，显示了1,805种待选蛋清酶，这其中1,191种产生于3个或多次抄袭中。60%的DNA充分功用组中含核酸综合的GO注脚，在不足核酸综合注脚的蛋清酶质中，比较大的分享出于核纤层蛋清酶，2是通过上色质组织性和生殖肿瘤细胞分裂主义的蛋清酶质（图2）。

图2 . 可直观交往 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3归纳总结了DNA间接影响组所蕴涵的营养素质-DNA对话框以及其包含了的核苷酸交连肽。这比如原因（1）球状DNA紧密构建形式域、（2）DNA 紧密构建周期性区（IDR）和（3）原因与别营养素质（诸如组营养素紧密构建营养素）、RNA（诸如剪接指数）或相剥离区室（诸如核仁营养素）间接影响而造成 的条件类似。

图3 . 可进行相处 DNA的机构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量上皮细胞扰动这段时间内与DNA组合的转录要素

雌雄雄生长激素多巴胺受体α（ESR1）驻流进胞质溶胶中，等到出现其配体，激发易位到細胞核，在哪里它与遗传基因组中的某一板块通过以重置某一的转录系统程序。将血清饥饿的MCF7細胞信息显示于高含水量雌雄雄生长激素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟训练治理 的对应細胞是比较这句话的DNA主动使用组（图4A）。之中，雌雄雄生长激素伤害性后DNA主动使用组中的ESR1加入了30倍（图4B）。总的的说，在1,814个参考值的核脂肪酸-DNA主动使用中，约有9%信息显示出以上2倍的重要发生改变，并了解到与ESR1体现了主动使用的核淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 性激素药工作乳腺纤维癌肿瘤细胞 DNA 相互间效应组的降钙素原检测较好（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

研发进去遗传什么是基因组的球膳食纤维以知道它是咋样被显示并付诸时间的，老是是科研工作者一些长期性的的最求。遗传什么是基因组可及性其主要以DNA为核心的度角开始研发，但是，到日前已经，着色质疑胶中的哪些问题球膳食纤维与DNA 发生高中物理互不的功效尚不弄清楚。便用零长距离光热塑，可察觉到DNA互不的功效组中的许多数球膳食纤维，XDNAX技艺将是球膳食纤维-DNA互不的功效研发的厉害软件。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的营养素质组学、装饰组学、代谢转化组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

选取论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.